Я пытаюсь суммировать количество генов, используя htseq-count; и он возвращает 0 отсчетов на каждый ген. Я не уверен, что я делаю неправильно; Я думаю, что это связано с генным флагом, который я использую. Я попытался использовать GTF для TAIR 10 Arabidopsis, который я получил от: ftp: //ftp.ensemblgenomes.org/pub/release-46/plants/gtf/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.46.gtf. gz , а также файл GFF, доступный на Araport.
Я использую различные файлы BAM, которые, как мне известно, имеют значения экспрессии генов.
Я пробовал как локально, так и в галактике Локальные команды, которые я пробовал до сих пор:
python3 -m HTSeq.scripts.count --idattr=gene_id #bam #gtf > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i gene_id #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i locus_tag #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i ID #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i SeqID #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i Parent #bam #gff > summary.txt
Я сделал то же самое в галактике; ввод значения -i в.
Любая помощь в том, где я иду не так, была бы хороша.
Спасибо!