Да, модель, которую вы сохраняете из Flow или Python (т.е. один из API), может быть загружена и использована в другом API (вам просто нужно убедиться, что сохраняемая вами двоичная модель использует ту же версию, что и работающий кластер H2O, гдеВы хотите загрузить модель)
Описано сохранение модели с использованием Flow * здесь
Описано сохранение и загрузка модели здесь