Я пишу модель фармакокинетики ODE в R, используя пакет dMod.Я полагаю, что у dMod есть какая-то опция для учета объема отсека, но я не могу найти, как его использовать или связать с разными молекулами.Я относительно новичок в использовании R, поэтому, пожалуйста, объясните просто.
Я моделирую молекулу, которую лучше всего представить как нековалентный конъюгат антитело-лекарственное средство.В моей модели лекарственный комплекс будет входить в различные субклеточные компартменты с разными объемами.Белковые компоненты конъюгата имеют различное сродство к рецепторам и небольшим молекулам, которые изменяются в зависимости от клеточного расположения.Сложность ассоциации и скорости диссоциации делают стандартные модели фармакокинетики «из коробки» неуместными.Тем не менее, мне все еще нужно учитывать отсеки, что сделало предыдущую попытку работать с RuleBender неудачной.Симбиология испытывала трудности с количеством химических видов;плюс, я ужасен в Matlab.Поэтому я решил перейти на более гибкий ODE-решатель в R, язык, который я знаю лучше всего.
Для небиохимика: концентрация и, следовательно, скорость всех реакций в отделении изменяется в зависимости от объема отделения.Хотя я мог включать объемы в уравнения скоростей вручную, похоже, что команда eqnlist () может принимать «объемы» в качестве аргумента.
Хотя я не получаю сообщение об ошибке при добавлении некоторых значений для объема вeqnlist (), он не подходит для томов.Например:
toy <- eqnlist(volumes = c(1,3) ) %>%
addReaction("chemA_1", "chemA_2", "k1*chemA_1", "1stOrderCompshift")
toymodel <- odemodel(toy, modelname = "toy1", compile = TRUE)
toypredfunc <- Xs(toymodel)
parameters <- getParameters(toypredfunc)
pars <- structure(c(4,0,0.5), names = parameters)
times <- seq(0, 10, len = 100)
prediction <- toypredfunc(times, pars)
plot(prediction)
Я хотел бы иметь первый отсек объемом 1 и второй отсек объемом 3. chemA в отсеке 1 называется chemA_1, а chemA в отсеке 2 - chemA_2.Мы начнем с 4 единиц молекулы chemA_1 и 0 единиц chemA_2.В период полураспада 2 единицы молекулы chemA_1 станут chemA_2.Однако концентрация chemA_2 должна составлять 0,67, так как объем отделения составляет 3. Я не понимаю, как назначить объемы химическим веществам, и нет примеров, включающих eqnlist () с аргументом volume.
PS Если у вас есть другие предложения для пакетов фармакокинетики в R, желательно гибкие, но с хорошей документацией и примерами, пожалуйста, дайте мне знать!