Вы проверили "Шаблоны глобального игнорирования" в разделе настроек?
Используйте меню правой кнопки мыши, чтобы перейти к настройкам:
альтернативный текст http://img3.imageshack.us/img3/2452/rightclicksvn.png
В середине вы увидите поле «Глобальные шаблоны игнорирования», в котором будет длинный список игнорируемых типов файлов. Скопируйте и вставьте его в блокнот и посмотрите, есть ли в вашем списке типы проблемных файлов.
альтернативный текст http://img176.imageshack.us/img176/2521/globalignorepattern.png
С другой стороны
Другое значение, которое я понимаю из вашего вопроса, может заключаться в том, что при извлечении кода и добавлении нового файла кем-то другим этот файл появляется на локальном диске, но не в Visual Studio.
В этом случае у вас, вероятно, нет файла проекта под контролем исходного кода. Он содержит основной список файлов, которые должны содержаться в проекте, и если он не хранится в системе контроля версий, то, когда другой разработчик добавляет новые файлы, они будут скопированы на компьютеры других участников группы, но не будут добавлено в проект VS.