Вы можете создать новый файл js в папке вашей темы Moodle.
Путь для создания нового файла js
theme->your_theme_folder->javascript-> create new js file here.
Теперь включите свой файл js в your_theme_folder-> config.php каккод ниже
$THEME->javascripts_footer = array('modernizr');
Затем вы должны очистить весь кеш в Moodle, перейдя на
Site Administration->Development->Purge all caches
Вот так ваш код js будет работать на всех страницах