Как подключиться / использовать MySQL, используя удаленный раздел кластера SLURM?

Question

Я пытаюсь использовать Orthomcl, который включает в себя использование MySQL в Linux.У меня есть доступ к общеуниверситетскому кластеру, который настроен с базовым интерфейсом входа в систему для очень незначительных команд (<5 минут, нехватка памяти) и нескольких удаленных разделов, с которыми я могу взаимодействовать только через SLURM.Для этих разделов не существует интерактивной команды. </p>

У меня нет разрешений sudo, поэтому я установил локальную версию MySQL и могу открыть соединение MySQL через вход в систему и другие прослушивающие порты (это всев конечном итоге запустить через логин).

Мне удалось на некоторое время сойти с рук и дошло до того, что в мою базу данных orthomcl была загружена большая таблица (~ 140 ГБ).Тем не менее, IT наконец поймал меня, когда я начал кластеризацию, и джигу!Но у них нет времени, чтобы помочь мне найти способ запустить MySQL на любом другом разделе ... Мне нужно выполнять свои ресурсоемкие команды на одном из других разделов, но я не знаю, как это сделать без прямогодоступ к командной строке или использование синтаксиса SLURM.

Есть идеи?Я просто бедный биолог, бездельничающий.

Answer 1

Я нашел обходной путь, если кто-нибудь еще столкнется с этим в будущем.Опять же, я спотыкаюсь, поэтому Я гарантирую, что это не лучшая практика , но это сработало для меня.

Сначала я изменил порты в моих файлах .cnf и .config напрослушивающий порт без регистрации в кластере.

Я использовал пакетный скрипт для запуска экземпляра MySQL на разделе без регистрации с этого превосходного ресурса в WSU: https://hpc.wsu.edu/programmers-guide/running-databases/ Я не мог заставить команды orthomcl запускаться внутри этого, поэтому я простообрезать его после отказоустойчивой точки остановки.

sbatch start.sh

Я получил имя узла раздела, которому он был назначен в выходном файле slurm, затем я проверил, чтоон был открыт как в файле журнала, так и с использованием

srun --nodelist = имя-узла mysqladmin -S / path / to / special / socket -P порт -u root-статус

Затем я могу получить доступ к этому разделу и использовать его, как обычно

screen srun -p batchpartition --time = d-чч: мм: сс --nodelist = имя-узла orthomclLoadBlast orthomcl.config SimilarSequence.txt

Специфично для OrthoMCL: убедитесь, что вы не забыли изменить свой порт в файле orthomcl.config!

Надеюсь, кто-нибудь когда-нибудь придет с лучшим ответом, но это может сработать в крайнем случае..