Создайте отдельный проект для модульных тестов, особенно если вы используете веб-сайт.
Возможно, вам не следует проводить юнит-тестирование классов на вашем веб-сайте. Скорее, любые классы, которые вы хотите пройти модульное тестирование, скорее всего, не должны быть на веб-сайте. Скорее, они должны быть в проекте библиотеки классов, на который ссылается веб-сайт.
Это еще одна причина не использовать веб-сайты: они не компилируются до тех пор, пока они не будут использованы, поэтому в тестовом проекте для тестирования не существует скомпилированной версии кода в app_code.
Веб-сайты следует использовать только для простых веб-сайтов. Все остальное сложнее, чем предполагалось. Вместо этого используйте проект веб-приложения (но при этом не допускайте появления интересного кода в проекте).