Raphael - это библиотека векторной графики, созданная с использованием SVG, тогда как HTML5 canvas - это растровая графика.
Если вы хотите заняться векторной графикой, я думаю, что работа с Рафаэлем, вероятно, будет хорошим выбором, чем "просто" холст. Как вы говорите, canvas не совсем работает с IE, и, вероятно, пройдет некоторое время, прежде чем он будет изначально поддерживаться. Если Рафаэль делает то, что вам нужно, нет особой причины не использовать его.
Обратите внимание, что для этого есть и другие библиотеки: Excanvas, который эмулирует canvas для IE с использованием VML (насколько я знаю), а также некоторые другие, которые делают то же самое с Silverlight и Flash, но я забыл их имена.
Существует также Dojo, в котором есть компонент для абстрагирования использования canvas за простой интерфейс, который также поддерживает IE.
Наличие собственного холста во всех браузерах не сделает библиотеки устаревшими, поскольку библиотеки обычно абстрагируют некоторые сложности холста, облегчая использование.