Как удалить очень тонкий контур / границу линейки - PullRequest
Новая
       26

Как удалить очень тонкий контур / границу линейки

0 голосов
/ 10 октября 2018

Я хотел удалить эти линии на краю моего гистограммы.Я использую библиотеку phyloseq.Вот мой код, я попытался изменить цвет / цвет / цвет на «NA», и это тот же результат.Мне просто не нравится этот маленький тонкий черный контур.

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

enter image description here

1 Ответ

0 голосов
/ 10 октября 2018

Ваша проблема в функции plot_bar() из пакета phyloseq - внутри черный цвет для границы.Вы можете просто создать свою функцию подобным образом с дополнительным параметром - border_color или без него. 

plot_bar_2 <-  function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, facet_grid = NULL, border_color = NA) 
{
  mdf = psmelt(physeq)
  p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
  p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack",  color = border_color)
  p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
  if (!is.null(facet_grid)) {
    p <- p + facet_grid(facet_grid)
  }
  if (!is.null(title)) {
    p <- p + ggtitle(title)
  }
  return(p)
}

и вызвать 

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

или с любым другим цветом границы, если хотите 

p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum", border_color = "red")
...