Я знаю три рабочих способа определения правила обертки в Snakefile:
rule way1_wrapper_repository:
wrapper:
"0.0.8/bio/samtools_sort"
rule way2_local_relative_directory:
wrapper:
"local_wrappers/dir/samtools_sort"
rule way3_local_absolute_directory:
wrapper:
"file:///absolute/path/to/wrapper/samtools_sort"
В документации говорится:
В качестве альтернативы, например, для разработки, оберткаДиректива также может указывать на полные URL-адреса, включая URL-адреса локальных файлов с абсолютными путями file: // или относительный путь file :.Примеры для каждой оболочки можно найти в файлах README, расположенных в подкаталогах оболочки в репозитории Snakemake Wrapper.
Однако я пока не нашел способа использовать URL-адрес, указывающий на каталог оболочки на github дляпример (обратите внимание, что я хочу использовать оболочки, НЕ размещенные в репозитории snakemake wrapper по умолчанию).
Обратите внимание, что для меня это XY проблема !Я на самом деле хочу определить локальную оболочку относительно Snakefile, которая возможна только тогда, когда workdir находится в том же каталоге, что и Snakefile: относительный путь к оболочке всегда будет оцениваться относительно рабочей директории, которая его делаеттрудно включить проект snakemake или использовать независимый рабочий каталог (в этом случае обертку нужно будет скопировать в альтернативный рабочий каталог).