Вот фрагмент кода для выбора строки по индексу:
import java.awt.Frame;
import ij.WindowManager;
import ij.text.TextWindow;
...
int index = ...; // row index to highlight
Frame frame = WindowManager.getFrame("Results");
((TextWindow)frame).getTextPanel().setSelection(index, index);
Я адаптировал его из исходного кода ResultsTable .