В отличие от инструментов клевера, JDO-расширение модифицирует байт-код, а не источник.Поэтому эти задачи могут быть сериализованными.cloverInstrumentation -> compileCloverJava -> runJDOEnhancer
Предполагая, что у вас есть метод runJdoEnhancer, который принимает в качестве входных данных sourceSet, это должно работать:
compileCloverJava.doLast {
runJdoEnhancer(sourceSets.clover, configurations.cloverRuntime)
}