Я новичок в питоне и биоинформатике.
Я пытаюсь сначала загрузить файл VCF в память, а затем проанализировать его с библиотекой pyvcf, но получаю эту ошибку: "IndexError: listindex out of range * "Я искал в интернете, но не нашел ответов.
Кстати, код:
import mmap
import vcf
file_chr_mt_vcf = 'ALL.chrMT.phase3_callmom-v0_4.20130502.genotypes.vcf'
chr_mt = open(file_chr_mt_vcf, 'rb')
m = mmap.mmap(chr_mt.fileno(), 0, access = True)
chr_mt = vcf.Reader(m)
for i in chr_mt:
print i.is_snp
Что мне делать?Есть ли лучший способ сделать это?
Следует отметить, что изменить библиотеку pyvcf и перейти на другую невозможно, потому что я написал сотни строк кода для выполнения некоторых задач.Я просто хочу загрузить файл vcf в память, а затем выполнить эти задачи с помощью pyvcf.