brms - как бороться с отсутствующим контрастом (один уровень - игнорировать) - PullRequest
0 голосов
/ 18 декабря 2018

Я пытаюсь использовать пакет brms для изучения изменений частоты паразитизма у четырех видов бабочек между 3 состояниями.Все виды, кроме одного, были протестированы в каждом состоянии, и тут возникла моя проблема.Вид 4 не был проверен в состоянии 3.

моя полная модель: mod15=brm(#ind_parasitized|trials(#ind_parasitized+#ind_nonparasitized)~0+condition*butterfly_species,data=dat3,iter=5000,warmup=2000,core=4,family=binomial)

эта модель возвращает ошибку, с которой не удалось сходиться.Тем не менее, из резюме модели, Rhat, Eff.выборка и смешанные цепочки хороши, за исключением, очевидно, недостающих видов 4 в области 3, которые модель не смогла игнорировать / исключить.

Читая вокруг, я видел, как бороться с отсутствующими значениями, но я не мог понять, как справиться с отсутствующим ограничением.Я думал, что смогу обойтись с помощью brm_multiple, но это не сработало, так как в этом случае я пытаюсь протестировать контрасты, которые больше не существуют.

Любое предложение будет с благодарностью!

...