Ошибка: файл "xml_parser.py", строка 5, в <module>out_file = sys.argv [2] IndexError: список индексов вне диапазона - PullRequest
Новая
       37

Ошибка: файл "xml_parser.py", строка 5, в <module>out_file = sys.argv [2] IndexError: список индексов вне диапазона

0 голосов
/ 23 февраля 2019

Этот xml-парсер работал у меня 2 года, но внезапно остановился, и я не знаю почему.Это сообщение я получаю, когда пытаюсь запустить 'python xml_parser.py file_name.xml'.Я даже сделал это с XML-документами, которые были проанализированы в прошлом, но безрезультатно.

Вот предупреждение: 

File "xml_parser.py", line 5, in <module>
    out_file = sys.argv[2]
IndexError: list index out of range

Вот мой сценарий: 

import sys
import re

in_file = sys.argv[1]
out_file = sys.argv[2]

output = open(out_file,'w')
print >> output, 'query'+'\t'+'query_length'+'\t'+'alignment_length'+'\t'+'identity'+'\t'+'hit_def'+'\t'+'hit_from'+'\t'+'hit_to'+'\t'+'hit_accession'+'\t'+'e-value'

with open(in_file,'r') as xml:
    for i in xml:
        if re.search('<Iteration_query-def>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            query_def = i
        if re.search('<Iteration_query-len>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            query_len = i
        if re.search('No hits found', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            print >> output, query_def+'\t'+i
        if re.search('<Hit_def>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            hit_def = i
        if re.search('<Hit_accession>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            hit_acc = i       
        if re.search('<Hsp_evalue>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            e_val = i
        if re.search('<Hsp_hit-from>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            hit_from = i
        if re.search('<Hsp_hit-to>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            hit_to = i
        if re.search('<Hsp_identity>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
             hsp_identity = i
        if re.search('<Hsp_align-len>', i) != None:
            i = i.split('>',1)[-1]
            i = i.split('<', 1)[-2]
            align_len = i
            print >> output, query_def+'\t'+query_len+'\t'+align_len+'\t'+hsp_identity+'\t'+hit_def+'\t'+hit_from+'\t'+hit_to+'\t'+hit_acc+'\t'+e_val 

output.close()

1 Ответ

0 голосов
/ 23 февраля 2019

sys.argv[0] - это ваш скрипт, а sys.argv[1] - это имя файла xml (in_file).Ожидается, что вы также укажете имя out_file в качестве второго аргумента (т.е. sys.argv[2])

Так что-то вроде этого должно быть сделано:

python xml_parser.py file_name.xml out_file

...