Как я могу выяснить, сколько потоков нужно вырезать в правиле Snakemake?

Question

Я использую cut в одном правиле моего конвейера и всегда выдает ошибку, но без описания ошибки.Когда я пытаюсь выполнить эту команду с помощью простого сценария bash, она работает без ошибок.

Вот правило:

rule convert_bamheader:
    input: bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned.bam, stats/SERUM-ACT/good_barcodes_clean_filter.txt
    output: bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned_header.txt, bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned_header_filtered.tsv
    jobid: 15
    wildcards: sample=SERUM-ACT
    threads: 4


        mkdir -p stats/SERUM-ACT
        mkdir -p log/SERUM-ACT
        samtools view bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned.bam > bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned_header.txt
        cut -f 12,13,18,20-24 bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned_header.txt | grep -f stats/SERUM-ACT/good_barcodes_clean_filter.txt > bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned_header_filtered.tsv

Submitted DRMAA job 15 with external jobid 7027806.
    Error in rule convert_bamheader:
        jobid: 15
        output: bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned_header.txt, bam/SERUM-ACT/exon_tagged_trimmed_mapped_cleaned_header_filtered.tsv

ClusterJobException in line 256 of */pipeline.snake:
Error executing rule convert_bamheader on cluster (jobid: 15, external: 7027806, jobscript: */.snakemake/tmp.ewej7q4e/snakejob.convert_bamheader.15.sh). For detailed error see the cluster log.
Job failed, going on with independent jobs.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: */.snakemake/log/2018-12-18T104741.092698.snakemake.log

Я подумал, что это должно что-то делать с количеством потоковпри условии и количество потоков, необходимых для шага резки, но я не уверен.

Возможно, кто-то может мне помочь?

Ура!