Различные итерации snakefile дают одинаковую ошибку

Question

Я пытаюсь использовать змеиный мейк для трубопровода биоинформатики. Чтобы проверить это, я сделал следующий файл змеи.

У меня есть каталог с различными файлами fastq.gz (например, K1_R1.fastq.gz, K1_R2.fastq.gz, K2_R1.fastq.gz et c), и я запускаю fastq c для них ,

SAMPLES = [ "K1", "K2", "W1", "W2" ]
REPLICATE = ['R1', 'R2']

PathtoWD = '/home/hbanduk/scratch/working_projects_2020/'

rule fastqc:
    input:
        "expand(PathtoWD + "/raw_data/{sample}_{replicate}.fastq.gz", sample=SAMPLES, replicate=REPLICATE)"
    output:
         PathtoWD + "/fastqc_raw_reads/{sample}_{replicate}_fastqc.zip",
         PathtoWD + "/fastqc_raw_reads/{sample}_{replicate}_fastqc.html"
    shell:
        "fastqc {input} -o /home/hbanduk/scratch/working_projects_2020/fastqc_raw_reads"

при запуске

snakemake -np snakefile

я получаю следующую ошибку:

SyntaxError in line 9 of 
/scratch/hbanduk/working_projects_2020/Snakefile:
invalid syntax

Я пробовал много перестановок этого файла, но продолжаю получать та же ошибка (в других случаях для других строк).

Любой вклад будет принята с благодарностью.

Answer 1

Точка Chris_Rands о двойных кавычках в двойных кавычках должна исправить синтаксическую ошибку, но вы, вероятно, хотите удалить кавычки вокруг expand() в целом. Т.е.:

expand(PathtoWD + "/raw_data/{sample}_{replicate}.fastq.gz", sample=SAMPLES, replicate=REPLICATE)

вместо

"expand(...)"