В общем, хорошей идеей будет спросить у вашей команды общие правила или лучшие практики.Поэтому, если они хотят, чтобы вы изменили только файлы *.java, лучше вносить только те изменения, которые соответствуют этому требованию.
Однако в большинстве SW-команд или компаний проект создается не только из простого исходного кода.Многие проекты состоят из .properties файлов, конфигурации XML , например, определения проектов и модулей Maven, найденные в pom.xml файлах, или даже такие вещи, как SQL -snippets, которые являются общимив целях развития.Время от времени разработчику необходимо вносить изменения в эти файлы, отличные от *.java.Так что может возникнуть «блокировка», если вы не поделитесь этими настройками с вашей командой через общий репозиторий, то есть здесь: git или svn .
По сутиспросите свою команду, что они ожидают от вас как участника, ИЛИ пусть ваша команда обсудит и примет решение о том, как вы хотите организовать проект и хранилище кода на уровне файлов.
Редактировать : Остерегайтесь скрытых каталогов с локальной информацией о конфигурации, т. Е. Средой IDE, такой как свойства локальной рабочей области.Это явно специфичные для разработчика вещи.
Надеюсь, это поможет.