В документах emscripten,
Вам нужен Python 2.7.12 или более поздней версии, поскольку старые версии могут не работать из-за изменения GitHub с SSL).
Python 3поддержал?
Да, поддерживается:
https://github.com/emscripten-core/emscripten/pull/5967
Этот PR: вводит EMSCRIPTEN_ALLOW_NEWER_PYTHON, чтобы разрешить Python 3
Этот PR:
EMSCRIPTEN_ALLOW_NEWER_PYTHON