скрыть значения NA при использовании функции display_numbers в pheatmap

Question

Я строю карту тепла с помощью пакета pheatmap в r.

Я применил функцию display_numbers для отображения значений в матрице в карте тепла, и я получил:

heatmap

Я получил так много NA в моей матрице, и я хотел бы скрыть их в тепловой карте, как я могу это сделать?

Answer 1

Во-первых, людям намного легче помочь вам, если вы предоставите воспроизводимые и минимальные выборочные данные.Пожалуйста, рассмотрите вопрос о том, как предоставить минимальный воспроизводимый пример / попытку для будущих сообщений.

---

По вашему вопросу:

1. Давайте сгенерируемнекоторые данные sampe

   set.seed(2018)
   mat <- matrix(runif(20), 4, 5)
   

   Мы используем вторую матрицу для отображения значений через аргумент display_numbers из pheatmap.Здесь мы просто копируем исходную матрицу и случайным образом генерируем некоторые NA значения:

   mat2 <- mat
   mat2[mat2 < 0.5] <- NA
   

2. Теперь мы заменим NA значения пустыми строками.

   mat2[is.na(mat2)] <- ""
   

3. Покажем тепловую карту

   pheatmap(mat, display_numbers = mat2)