Посетите официальные форумы . Здесь показан пример использования транзакций с Ko3:
$db->query(NULL, 'TRANSACTION START');
// Do stuff
$db->query(NULL, 'COMMIT');
Как это сделать с версией 2, я не знаю. Я все еще новичок в кохане и изучаю Ko3, а не 2. Но я предполагаю, что это очень похоже.