Вы можете использовать Синтетическую методику передискретизации меньшинства, SMOTE, чтобы увеличить размер класса меньшинства.
from imblearn.over_sampling import SMOTE
sm = SMOTE()
x1, y1 = sm.fit_sample(X_train, Y_train)
Кроме того, Наивный Байес не является хорошим алгоритмом для несбалансированных классов, попробуйте использовать Random Forest (безSMOTE) или деревья с градиентным усилением (с SMOTE).