Я проверяю, существует ли файл FileReference физически таким образом:
$isMissing = $fileReference->getOriginalResource()->getStorage()->hasFile($fileReference->getOriginalResource()->getIdentifier());
... или ...
$isMissing = $fileReference->getOriginalResource()->getStorage()->getFile($fileReference->getOriginalResource()->getIdentifier())->isMissing();
Теперь, если файл был удален извнеи выше возвращает FALSE, я не нашел способа установить новый File (по заданному имени файла / filepath) для этого же шифра FileReference.