Постройте доверительный интервал с помощью ggplot2

Question

У меня есть набор данных, похожий на этот:

x <- data.frame(date = c(20190902, 20190903, 20190904),
            Group = c(rep("A", 3)),
            mean = c(2.5, 3.4, 4.6),
            ci_upper = c(1.2, 0.5, 0.3),
            ci_lower = c(0.5, 0.4, 0.25))

y <- data.frame(date= c(20190902, 20190903, 20190904),
            Group = c(rep("B", 3)),
            mean = c(0.4, 3.8, 6.2),
            ci_upper = c(1.9, 0.9, 0.5),
            ci_lower = c(0.5, 0.8, 0.8))

df <- rbind(x, y)

Я хотел бы построить доверительный интервал на таймфрейме с двумя различными группами (A и B).

В настоящее время я использую этот метод, но он не работает:

p <- ggplot(df) + 
    geom_line(aes(y = mean, x = date, group = type ))+
    geom_ribbon(aes(ymin = ci_lower, ymax = ci_upper, x = week, fill = "grey70"), alpha = 0.3)+
    scale_colour_manual("", values = "blue")+
    scale_fill_manual("", values = "grey12")

Я не был уверен, как я могу подойти к этому.

Answer 1

Вы почти у цели. Требуются только некоторые небольшие исправления aes().

Но сначала я бы немного изменил ввод, чтобы сделать результат более привлекательным (теперь ci_upper / ci_lower не всегда более / менеепо сравнению с соответствующим средним значением):

# to ensure reproducibility of the samples
set.seed(123)
df$ci_lower <- df$mean - sample(nrow(x))
df$ci_upper <- df$mean + sample(nrow(x))

Главное, что следует изменить в вашем вызове ggplot(), - это определение эстетики, которая будет использоваться для построения графика. Обратите внимание, что значения эстетики по умолчанию должны быть установлены только один раз.

p <- ggplot(df, 
    aes(x = as.Date(as.character(date), format = "%Y%m%d"), 
        y = mean,
        group = Group, col = Group, fill = Group)) + 
    geom_line() +
    geom_ribbon(aes(ymin = ci_lower, ymax = ci_upper), alpha = 0.3)+
    scale_colour_manual("", values = c("red", "blue")) +
    scale_fill_manual("", values = c("red", "blue"))

Результат выглядит следующим образом:

На самом деле последние две строки кода даже не нужны, так какЦветовая схема ggplot по умолчанию (которую вы использовали, чтобы показать желаемый результат) также выглядит очень хорошо.