Я делаю анализ эксперимента ChIPSeq и для определения сайтов дифференциальной привязки. Я использую следующий скрипт в R, где мой рабочий каталог, в котором находятся мои файлы bam:
library(DiffBind)
library(tidyverse)
> samples <- read.csv('SampleSheet.csv')
> samples
SampleID Tissue Factor Condition Replicate bamReads
1 DMSO_NFAT1bio1 NA NFAT DMSO 1 DMSO_NFAT1bio1_sorted.bam
2 DMSO_NFAT1bio3 NA NFAT DMSO 2 DMSO_NFAT1bio3_sorted.bam
3 DMSO_NFAT2bio1 NA NFAT DMSO 1 DMSO_NFAT2bio1_sorted.bam
4 DMSO_NFAT2bio3 NA NFAT DMSO 2 DMSO_NFAT2bio3_sorted.bam
5 DMSO_NFAT5bio1 NA NFAT DMSO 1 DMSO_NFAT5bio1_sorted.bam
6 DMSO_NFAT5bio3 NA NFAT DMSO 2 DMSO_NFAT5bio3_sorted.bam
7 TAC_NFAT1bio1 NA NFAT TAC 1 TAC_NFAT1bio1_sorted.bam
8 TAC_NFAT1bio3 NA NFAT TAC 2 TAC_NFAT1bio3_sorted.bam
9 TAC_NFAT2bio1 NA NFAT TAC 1 TAC_NFAT2bio1_sorted.bam
10 TAC_NFAT2bio3 NA NFAT TAC 2 TAC_NFAT2bio3_sorted.bam
11 TAC_NFAT5bio1 NA NFAT TAC 1 TAC_NFAT5bio1_sorted.bam
12 TAC_NFAT5bio3 NA NFAT TAC 2 TAC_NFAT5bio3_sorted.bam
Peaks PeakCaller
1 MACS2-0.01/DMSO_NFAT1bio1_peaks.narrowPeak Narrow
2 MACS2-0.01/DMSO_NFAT1bio3_peaks.narrowPeak Narrow
3 MACS2-0.01/DMSO_NFAT2bio1_peaks.narrowPeak Narrow
4 MACS2-0.01/DMSO_NFAT2bio3_peaks.narrowPeak Narrow
5 MACS2-0.01/DMSO_NFAT5bio1_peaks.narrowPeak Narrow
6 MACS2-0.01/DMSO_NFAT5bio3_peaks.narrowPeak Narrow
7 MACS2-0.01/TAC_NFAT1bio1_peaks.narrowPeak Narrow
8 MACS2-0.01/TAC_NFAT1bio3_peaks.narrowPeak Narrow
9 MACS2-0.01/TAC_NFAT2bio1_peaks.narrowPeak Narrow
10 MACS2-0.01/TAC_NFAT2bio3_peaks.narrowPeak Narrow
11 MACS2-0.01/TAC_NFAT5bio1_peaks.narrowPeak Narrow
12 MACS2-0.01/TAC_NFAT5bio3_peaks.narrowPeak Narrow
> dbobj <- dba(sampleSheet = samples)
DMSO_NFAT1bio1 NFAT DMSO 1 Narrow
Error in Summary.factor(c(1L, 112L, 223L, 334L, 445L, 456L, 467L, 478L, :
'max' not meaningful for factors
В итоге я получил эту ошибку.factor
Примечание: когда я пытался использовать пакет ChIPQC для анализа показателей качества в моем эксперименте, я получал ту же ошибку.