Использование ошибки DiffBind Rpackage в summary.factor - PullRequest
0 голосов
/ 02 октября 2019

Я делаю анализ эксперимента ChIPSeq и для определения сайтов дифференциальной привязки. Я использую следующий скрипт в R, где мой рабочий каталог, в котором находятся мои файлы bam:

library(DiffBind)
library(tidyverse)
> samples <- read.csv('SampleSheet.csv')
> samples
         SampleID Tissue Factor Condition Replicate                  bamReads
1  DMSO_NFAT1bio1     NA   NFAT      DMSO         1 DMSO_NFAT1bio1_sorted.bam
2  DMSO_NFAT1bio3     NA   NFAT      DMSO         2 DMSO_NFAT1bio3_sorted.bam
3  DMSO_NFAT2bio1     NA   NFAT      DMSO         1 DMSO_NFAT2bio1_sorted.bam
4  DMSO_NFAT2bio3     NA   NFAT      DMSO         2 DMSO_NFAT2bio3_sorted.bam
5  DMSO_NFAT5bio1     NA   NFAT      DMSO         1 DMSO_NFAT5bio1_sorted.bam
6  DMSO_NFAT5bio3     NA   NFAT      DMSO         2 DMSO_NFAT5bio3_sorted.bam
7   TAC_NFAT1bio1     NA   NFAT       TAC         1  TAC_NFAT1bio1_sorted.bam
8   TAC_NFAT1bio3     NA   NFAT       TAC         2  TAC_NFAT1bio3_sorted.bam
9   TAC_NFAT2bio1     NA   NFAT       TAC         1  TAC_NFAT2bio1_sorted.bam
10  TAC_NFAT2bio3     NA   NFAT       TAC         2  TAC_NFAT2bio3_sorted.bam
11  TAC_NFAT5bio1     NA   NFAT       TAC         1  TAC_NFAT5bio1_sorted.bam
12  TAC_NFAT5bio3     NA   NFAT       TAC         2  TAC_NFAT5bio3_sorted.bam
                                        Peaks PeakCaller
1  MACS2-0.01/DMSO_NFAT1bio1_peaks.narrowPeak     Narrow
2  MACS2-0.01/DMSO_NFAT1bio3_peaks.narrowPeak     Narrow
3  MACS2-0.01/DMSO_NFAT2bio1_peaks.narrowPeak     Narrow
4  MACS2-0.01/DMSO_NFAT2bio3_peaks.narrowPeak     Narrow
5  MACS2-0.01/DMSO_NFAT5bio1_peaks.narrowPeak     Narrow
6  MACS2-0.01/DMSO_NFAT5bio3_peaks.narrowPeak     Narrow
7   MACS2-0.01/TAC_NFAT1bio1_peaks.narrowPeak     Narrow
8   MACS2-0.01/TAC_NFAT1bio3_peaks.narrowPeak     Narrow
9   MACS2-0.01/TAC_NFAT2bio1_peaks.narrowPeak     Narrow
10  MACS2-0.01/TAC_NFAT2bio3_peaks.narrowPeak     Narrow
11  MACS2-0.01/TAC_NFAT5bio1_peaks.narrowPeak     Narrow
12  MACS2-0.01/TAC_NFAT5bio3_peaks.narrowPeak     Narrow
> dbobj <- dba(sampleSheet = samples)
DMSO_NFAT1bio1  NFAT DMSO  1 Narrow
Error in Summary.factor(c(1L, 112L, 223L, 334L, 445L, 456L, 467L, 478L,  :
  'max' not meaningful for factors

В итоге я получил эту ошибку.factor

Примечание: когда я пытался использовать пакет ChIPQC для анализа показателей качества в моем эксперименте, я получал ту же ошибку.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...