извлечение списков из списка списков на основе символа индекса - PullRequest
0 голосов
/ 10 октября 2019

У меня есть список списков, который называется dregeiSNP:

[['ACmerged_contig_24664', '378', '.', 'T', 'A', '7.30814', '.', 'DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=36', 'GT:PL', '1/1:36,3,0'],
 ['ACmerged_contig_24664', '379', '.', 'G', 'A', '4.38466', '.', 'DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=36', 'GT:PL', '1/1:32,3,0'],
 ['ACmerged_contig_24664', '383', '.', 'G', 'A', '7.30814', '.', 'DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=36', 'GT:PL', '1/1:36,3,0']]

Я пытаюсь поместить списки в этом списке в разные списки, в зависимости от букв в list[3] и list[4]. Если символы в list[3] и list[4] оба являются 'T' или 'C', или оба 'A' или 'G', я хочу, чтобы эти строки вошли в один список dregeiTransitions, если в противном случае я хочу строкичтобы перейти к dregeiTransversions.

Я буду использовать этот код для большего набора данных в конце.

Я написал этот код:

dregeiTransitions = []
dregeiTransversions = []
for (line, list) in enumerate(dregeiSNPs):
    if list[3] == 'T' or 'C' and list[4] == 'T' or 'C':
        dregeiTransitions.append()
    if list[3] == 'A' or 'G' and list[4] == 'A' or 'G':
        dregeiTransitions.append()
    else:
        dregeiTransversions.append()

Но я получаюэта ошибка:

  File "project1.py", line 42, in <module>
    dregeiTransitions.append()
TypeError: append() takes exactly one argument (0 given)

Может кто-нибудь объяснить, почему это происходит? Конечно, я не должен достигать .append заявления, если не выполнены вышеуказанные критерии if или else?

1 Ответ

2 голосов
/ 10 октября 2019

Вы должны сказать ему, что добавить. Измените приложение на: dregeiTransitions.append(list) и оно должно работать.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...