Нарисуйте несколько результатов RFE из каретки на одном участке

Question

Я использовал алгоритм RFE кареты с ROC в качестве метрики и хочу отобразить результат. Это прекрасно работает, но теперь я хочу поместить два результата в один график, и я не уверен, есть ли простое решение для этого или это вообще возможно. Извините, если это глупый вопрос, не слишком продвинутый в R. Есть ли решение для этого?

Вот мой код:

# define the control using a random forest selection function
rfFuncs$summary <- twoClassSummary
control <- rfeControl(functions=rfFuncs, verbose = TRUE, method="cv", number=10)
# run the RFE algorithm
results_rfe_roc_deliv <- rfe(data_deliverable[,1:91], data_deliverable[,92], sizes=c(1:91), rfeControl=control ,metric = 'ROC')
# summarize the results
print(results_rfe_roc_deliv)
# list the chosen features
predictors(results_rfe_roc_deliv)


results_rfe_roc_non_deliv <- rfe(data_non_deliverable[,1:91], data_non_deliverable[,92], sizes=c(1:91), rfeControl=control ,metric = 'ROC')
# summarize the results
print(results_rfe_roc_non_deliv)
# list the chosen features
predictors(results_rfe_roc_non_deliv)
# plot the results

plot(results_rfe_roc_deliv, type=c("g", "o"))
plot(results_rfe_roc_non_deliv, type=c("g", "o"))

Обычный график, сгенерированный из кода:

Answer 1

Для тех, кто интересуется, как это легко сделать, извлеките результаты из объектов и разместите их в пакете ggplot. Мое решение немного сложнее, но вы можете легко изменить его в соответствии с вашими потребностями. Код довольно понятен. Вот как я это сделал:

rfe_result_export <- results_rfe_roc_deliv$results
names(rfe_result_export)[names(rfe_result_export) == 'ROC'] <- 'ROC.deliv'
rfe_result_export <- rfe_result_export[,-c(3:7)]
rfe_result_export$ROC.non.deliv <- results_rfe_roc_non_deliv$results$ROC
#flag data
rfe_result_export$highlight.deliv <- FALSE
rfe_result_export$highlight.non.deliv <- FALSE
#points of interest
rfe_result_export$highlight.deliv[c(40,66)] <- TRUE
rfe_result_export$highlight.non.deliv[c(48,86)] <- TRUE

ggplot(rfe_result_export, aes(Variables)) +
  geom_point(aes(y=ROC.non.deliv, colour="blue")) +
  geom_point(aes(y=ROC.deliv, colour="black")) + 
  #points of interest
  geom_point(data = subset(rfe_result_export, highlight.deliv == TRUE), aes(y=ROC.deliv, colour="red")) +
  geom_point(data = subset(rfe_result_export, highlight.non.deliv == TRUE), aes(y=ROC.non.deliv, colour="red")) +
  scale_color_manual(values =c("blue","black","red"), labels = c("Deliverable",'Non-Delivarble', "Points of interest")) +
  ylab("ROC value") + ggtitle("Results of Recursive Feature Elimination") +
  scale_x_continuous(breaks = scales::pretty_breaks(n = 10))

Это создает следующий сюжет: