Технически, SSI, вероятно, немного быстрее, потому что включенные данные вытягиваются на страницу и объединяются в один класс. Мастер-страницы немного медленнее, потому что каждый из них скомпилирован в свой собственный класс, и страница должна будет загрузить экземпляр этого класса.
Во всех практических целях прирост производительности, вероятно, практически незначителен, а преимущества MasterPage и веб-элементов управления, вероятно, компенсируют любую потерю производительности.