Файлы Snakemake в нескольких каталогах - PullRequest
Новая
       7

Файлы Snakemake в нескольких каталогах

1 голос
/ 07 ноября 2019

My {dir} - это переменная = / nameX / tissX / trimmed. Этот код я использую: 

HISAT2_INDEX_PREFIX = "/index/genome_chromosomes"

directories, SAMPLES=glob_wildcards('/test/{dir}/{sample}_1.fastq.gz')
rule all:
    input: 
        expand("{dir}/{sample}.bam", zip, dir=directories, sample=SAMPLES)
rule hisat2:
    input:
        hisat2_index=expand("%s.{ix}.ht2l" % HISAT2_INDEX_PREFIX, ix=range(1, 9)),
        fastq1="/test/{dir}/{sample}_1.fastq.gz",
        fastq2="/test/{dir}/{sample}_1.fastq.gz"
    output:
        bam = "{dir}/{sample}.bam",
        txt = "{dir}/{sample}.txt",
    log: "{dir}/{sample}.snakemake_log.txt"
    threads: 2
    shell:
        "hisat2 -p {threads} -x {HISAT2_INDEX_PREFIX}"
        " -1 {input.fastq1} -2 {input.fastq2}  --summary-file {output.txt} |"
        "samtools sort -@ {threads} -o {output.bam}"

Как изменить способ добавления префикса nameX в каждый файл bam и сохранитьвсе файлы BAM в одном каталоге? И создать для того же nameX один файл BAM?

...