Этот код никогда не будет отображать более 1 всплывающей подсказки (Bokeh v1.3.0):
from bokeh.plotting import figure, show
from bokeh.models import CustomJS
data = dict(
x=[1, 2, 3],
y=[1, 2, 3],
color=['red', 'green', 'blue'], )
p = figure(tooltips=[('x','@x'),('y', '@y')])
p.circle('x', 'y', color='color', size=10, source = data)
code= '''if (cb_data.index.indices.length > 1) {
document.getElementsByClassName('bk-tooltip')[0].style.display = 'none';
}'''
p.hover.callback = CustomJS(code = code)
show(p)
Недостатком этого решения является то, что, когда все точки точно перекрывают друг друга, подсказки не будут отображаться вообще