Запись объекта R data.table в файл hdf5 - PullRequest
Новая
       64

Запись объекта R data.table в файл hdf5

1 голос
/ 07 октября 2019

У меня есть R data.table, который я пытался записать как файл h5, используя пакет rhdf5. Это дает мне предупреждение h5writeAttribute.default(Attr[[i]], h5obj, name = names(Attr)[i]) : No function found to write attribute of class 'externalptr'. Attribute '.internal.selfref' is not written to hdf5-file. Когда я читаю файл, я вижу, что многих столбцов там нет. В частности, столбцы типа list() отсутствуют. Я получаю одинаковые результаты, использую ли я функцию write.attributes=TRUE или write.attributes=FALSE в h5write. Какие-либо предложения? Воспроизводимый пример: 

library(rhdf5)
library(data.table)

tmp <- data.table(character = "Name", 
              logical = "FALSE",
              list = list(tmp = c("a", "b")),
              logical2 = "TRUE"
)
h5write(tmp, "tmp.h5", "test",write.attributes=TRUE)
h5closeAll()
tmpRead = h5read(file="tmp.h5","test")
h5closeAll()

tmp
character logical list logical2
1   Name    FALSE   c("a", "b") TRUE

tmpRead
character logical logical2
1   Name    FALSE   TRUE
...