Как исправить ошибку "gcc: error:" /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a ": такого файла или каталога нет в R - PullRequest
Новая
       83

Как исправить ошибку "gcc: error:" /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a ": такого файла или каталога нет в R

0 голосов
/ 14 октября 2019

Я пытаюсь установить minfi в R: 

BiocManager::install("minfi")

, но установка останавливается во время компиляции HDF5Array со следующими ошибками: 

gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or 
directory
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libsz.a": No such file or 
directory
make: *** [HDF5Array.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘HDF5Array’

Я уже установил *Пакет 1007 * и Rhdf5lib плюс файлы, которые R "не видит", фактически существуют в том каталоге (/ usr / lib64 / R / library / Rhdf5lib / lib /), где он предположительно "ищет" их. 

ls /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/
libhdf5.a  libhdf5_cpp.a  libsz.a

Моя версия R - 3.6.0, моя версия GCC - 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39), а мой дистрибутив CentOS - 7.6.1810

Буду признателен за любые предложения.

Спасибо.

1 Ответ

2 голосов
/ 14 октября 2019

Я встретил ту же проблему. http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/HDF5Array/ упоминает, что "HDF5Array (1.12.2)" не удалось установить. Так что ждите улучшений.

Есть способ: установка более старой версии "HDF5Array". 

url<-"https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/HDF5Array_1.10.1.tar.gz"
install.packages(url,repos=NULL,type="source")
BiocManager::install("minfi")
...