Если кто-нибудь сталкивался с этим, я понял, что метод addVars позволяет вам напрямую вводить все три измерения и использует словарь для ссылки. Поэтому вы можете упростить, написав:
schedule = m.addVars(Weekdays, Blocks, Departments, vtype=GRB.BINARY)
для справки, все, что вам нужно сделать, это написать:
schedule[weekday, block, department]