Добавить гетероатом в файл pdb - PullRequest
Новая
       52

Добавить гетероатом в файл pdb

0 голосов
/ 10 ноября 2019

Я использую Biopython для выполнения различных операций над файлом pdb. Впоследствии я хотел бы добавить несколько новых атомов в объект структуры Biopython, сгенерированный Biopython. Есть хороший / рекомендуемый способ сделать это в Python. Похоже, что Biopython предоставляет только опции для записи существующих элементов файла pdb, а не для создания новых.

1 Ответ

1 голос
/ 11 ноября 2019

Вы можете взглянуть на пакет Python Biotite (https://www.biotite -python.org / ), пакет, который я разрабатываю. В следующем примере кода структура PDB загружается, считывается и затем добавляется атом: 

import biotite.database.rcsb as rcsb
import biotite.structure as struc
import biotite.structure.io as strucio


# Download lysozyme structure for example
file_name = rcsb.fetch("1aki", "pdb", target_path=".")

# Read the file into Biotite's structure object (atom array)
atom_array = strucio.load_structure(file_name)

# Add an HETATM
atom = struc.Atom(
    coord = [1.0, 2.0, 3.0],
    chain_id = "A",
    # The residue ID is the last ID in the file +1
    res_id = atom_array.res_id[-1] + 1,
    res_name = "ABC",
    hetero = True,
    atom_name = "CA",
    element = "C"
)
atom_array += struc.array([atom])

# Save edited structure
strucio.save_structure("1aki_edited.pdb", atom_array)

Последние строки 1aki_edited.pdb: 

...
HETATM 1075 O    HOH A 203      12.580  21.214   5.006  1.00 0.000          O   
HETATM 1076 O    HOH A 204      19.687  23.750  -4.851  1.00 0.000          O   
HETATM 1077 O    HOH A 205      27.098  35.956 -12.358  1.00 0.000          O   
HETATM 1078 O    HOH A 206      37.255   9.634  10.002  1.00 0.000          O   
HETATM 1079 O    HOH A 207      43.755  23.843   8.038  1.00 0.000          O   
HETATM 1080 CA   ABC A 208       1.000   2.000   3.000  1.00 0.000          C
...