Хранение графа networkx с неуникальными узлами в виде файла graphviz - PullRequest
Новая
       94

Хранение графа networkx с неуникальными узлами в виде файла graphviz

1 голос
/ 04 ноября 2019

Я хочу сохранить в файле graphviz объект networkx, имеющий неуникальные узлы. Я создал неуникальные узлы в сети с использованием меток. Но он просто способен отображать узлы с неуникальными метками. 

G = nx.MultiDiGraph()
G.add_node(0)
G.add_node(1)
G.add_node(2)
labels = {0: 'a', 1: 'b', 2: 'a'}
pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G,pos)
nx.draw_networkx_edges(G,pos)
nx.draw_networkx_labels(MG,pos,labels,font_size=16)

Это дает возвращаемое значение последнего оператора и вывод: 


return value: {0: Text(-0.6135625730904766, -0.6074010681652476, 'a'),
 1: Text(0.9319946933900001, -0.3925989318347525, 'b'),
 2: Text(-0.31843212029952345, 1.0, 'a')}

networkx output

Есть ли способ взять этот вывод из draw_networkx_labels и использоватьэто создать файл графика. Мне нужны неуникальные узлы в выводе файла graphviz. Я пытаюсь сделать что-то вроде ниже: 

x = nx.draw_networkx_labels(G,pos,labels,font_size=16)
write_dot(x, "dot.gv")
s = Source.from_file('dot.gv')
s.view()

Это выдаст ошибку, так как nx.draw_networkx_labels не возвращает объект, который он печатает выше. Если я просто использую объект G, он не будет использовать метки «a» и «b». Кроме того, существует ли более простой способ создания неуникальных узлов в сети x?

1 Ответ

1 голос
/ 04 ноября 2019

Вы путаете nodes с node labels. Не имеет смысла добавлять дубликаты узлов в граф. Однако вы можете добавить неуникальные метки к существующим узлам в Графике.

Взгляните на этот код: 

import networkx as nx

G = nx.MultiDiGraph()
G.add_nodes_from(list(range(5)))

labels = {
    0: 'a',
    1: 'b',
    2: 'a',
    3: 'c',
    4: 'd'}

G.add_edge(0, 1)
G.add_edge(2, 1)
G.add_edge(3, 2)
G.add_edge(3, 4)

# Add the labels as a separate attribute in each node
nx.set_node_attributes(G, labels, 'label')

pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G,pos)
nx.draw_networkx_edges(G,pos)
nx.draw_networkx_labels(G,pos,labels,font_size=16)

enter image description here

Теперь перейдем к сохранению графика в формате файла графика: 

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot
from graphviz import Source

write_dot(G, "dot.gv")
Source.from_file('dot.gv')

enter image description here

Как вы можете видеть по вашему вопросу,названия этикеток сохраняются. Вы также можете прочитать документацию pygraphviz для дальнейшей работы с полученным графом.

Ссылки:

Вы можете проверить этот блокнот Google Colab для кода, показанного выше.

...