Вы можете передать числовое значение в ratio
:
digraph G{
ratio=1.3;
node[shape=point, height=0.02, width=0.01];
foo->bar;
}
Или установить размер и передать один из параметров (см. Дополнительные параметры здесь ).
digraph G{
ratio="fill";
size="4,3!";
node[shape=point, height=0.02, width=0.01];
foo->bar;
}