Slurm: sbatch: fatal: невозможно обработать файл конфигурации - PullRequest
Новая
       16

Slurm: sbatch: fatal: невозможно обработать файл конфигурации

0 голосов
/ 08 октября 2019

Я пытаюсь использовать университетские грид-вычисления, следуя этому (возможно, старому) руководству http://cmp.felk.cvut.cz/cmp/hardware/grid/ Проблема в том, что я получаю эту ошибку 

There was an error running the Slurm sbatch command.
The command was:
'/usr/bin/sbatch -e scr.sh.e%A -o scr.sh.o%A /datagrid/temporary/beliansky/repeats/scr.sh 2>&1'
and the output was:
'sbatch: error: Parsing error at unrecognized key: CPUd
 sbatch: error: Parse error in file /etc/slurm-llnl/slurm.conf line 189: " CPUd=24 Sockets=2 CoresPerSocket=6 ThreadsPerCore=2 RealMemory=198000 TmpDisk=360000 "
 sbatch: fatal: Unable to process configuration file
'

Это scr.sh, который я пробовал:

#!/bin/sh
nohup /usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &

#!/bin/sh -l
nohup /usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &

#!/bin/sh
/usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &

#!/bin/sh -l
/usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &

Я никогда не работал с чем-то подобным, поэтому я немного растерялся здесь. Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 09 октября 2019

Очевидно, что в файле глобальной конфигурации есть опечатка: строка в сообщении об ошибке 

CPUd=24 Sockets=2 ...

должна быть 

CPU=24 Sockets=2 ...

Это может исправить только администратор.

Что вы можете сделать, это сделать копию этого файла, исправить опечатку, а затем запустить 

export SLURM_CONF=/path/to/your/copy

перед запуском sbatch.

...