Это нормально, при условии, что и ваша прямая зависимость, и косвенная используют одну и ту же основную версию. Если у них разные основные версии, у вас могут возникнуть проблемы, так как они могут быть несовместимы. (Это слабость в версии .NET на данный момент, IMO.)
Вы можете удалить прямую зависимость, если хотите - если только вы не хотите более позднюю версиючем Package2 зависит от. Например, если Package2 зависит от Package1 версии 1.2.0, но вы хотите что-то, что есть только в Package1 версии 1.5.0, вы можете явно указать эту зависимость. В итоге будет развернута только одна версия Package1.