Snakemake - поддержка конфигурации Tibanna - PullRequest
Новая
       8

Snakemake - поддержка конфигурации Tibanna

0 голосов
/ 10 марта 2020

Я пытаюсь запустить snakemake --tibanna, чтобы развернуть Snakemake на AWS с помощью пошаговых функций «Единорога», которые создает Тибанна.

Кажется, я не могу найти способ изменить различные аргументы, которые принимает Тибанна, например: какие su bnet, AZ или Security Group будут использоваться для фактического развернутого экземпляра EC2.

Пример аргумента (при запуске Tibanna без Snakemake): https://github.com/4dn-dcic/tibanna/blob/master/test_json/unicorn/shelltest4.json#L32

Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 27 марта 2020

Вы заметили эту опцию?

snakemake --help

- tibanna-config TIBANNA_CONFIG [TIBANNA_CONFIG ...] Дополнительная конфигурация тибанцев, например --tibanna-config spot_instance = истинная подсеть = группа безопасности =

Я думаю, что это было добавлено недавно.

-jk

...