Вам нужно дополнить строки меньшим количеством элементов нулями, чтобы их длина равнялась длине самого длинного массива (или списка) в списке списков (матрица). Ниже приведен фрагмент кода для дополнения списка списков неравной длины в матрицу одинаковой длины строки:
import numpy as np
unpadded_matrix = np.array([[1, 2], [3, 4, 5], [6, 7, 8, 9]])
max_len = max([len(row) for row in unpadded_matrix])
np.array([row + [0]*(max_len-len(row)) for row in unpadded_matrix])
o / p:
array([[1, 2, 0, 0],
[3, 4, 5, 0],
[6, 7, 8, 9]])