Плотные или полностью подключенные слои требуют 1-го входа, поэтому вам нужно сгладить входной массив.
X = np.reshape(6000, 3*256)
ip = Input(shape=(3*256))
dense1 = Dense(128, activation = 'relu')(ip)
dense2 = Dense(2, activation = 'sigmoid')(dense1)
Вам необходимо выбрать промежуточные слои, функции потерь, активации в зависимости от ваших потребностей.