Получают ли змеиные обертки один раз и хранятся локально? Или выбирается каждый раз с удаленного URL? - PullRequest
Новая
       10

Получают ли змеиные обертки один раз и хранятся локально? Или выбирается каждый раз с удаленного URL?

1 голос
/ 11 марта 2020

Когда оболочки snakemake используются со скриптами snakemake, они выбираются каждый раз с удаленного URL или хранятся локально? Я не вижу, чтобы они хранились где-либо в каталоге .snakemake, что заставляет меня думать, что он извлекается каждый раз, даже если каждый раз используется одна и та же версия сценария оболочки.

1 Ответ

2 голосов
/ 12 марта 2020

К сожалению, Snakemake каждый раз извлекает скрипт-обертку из удаленного URL-адреса, и в настоящее время не существует решения, способного изменить это поведение. Один из вариантов - создать локальный клон репозитория-обертки и указать на него змеиную маску, используя --wrapper-prefix.

Вот сообщение об ошибке, когда inte rnet недоступно: 

RuleException:
WorkflowError in line 16 of /Users/blah/Downloads/Snakefile:
URLError: <urlopen error [Errno 8] nodename nor servname provided, or not known>
  File "/Users/blah/Downloads/Snakefile", line 16, in __rule_tabix
  File "//anaconda3/lib/python3.7/concurrent/futures/thread.py", line 57, in run
...