Я не уверен, куда я добавляю опцию --wait sbatch при использовании snakemake. Я пытался добавить ее в саму команду snakemake, но я получаю следующую ошибку:
Error submitting jobscript (exit code 1):
Submitted batch job 5389577
Будет полезна любая помощь.
Моя команда snakemake выглядит следующим образом:
snakemake --latency-wait 60 --rerun-incomplete --keep-going --jobs 99 --cluster-status 'python /home/lamma/faststorage/scripts/slurm-status.py' --cluster 'sbatch -t {cluster.time} --mem={cluster.mem} --cpus-per-task={cluster.c} --error={cluster.error} --job-name={cluster.name} --output={cluster.output} --wait' --cluster-config bacterial-hybrid-assembly-config.json --configfile yaml-config-files/test_experiment3.yaml --snakefile bacterial-hybrid-assembly.smk