Когда вы загружаете комплект приложений в магазин воспроизведения, магазин воспроизведения сгенерирует новый apk на основе пользовательского устройства, предположим, что пользовательским устройством является xhdpi, сгенерированный apk by play store будет иметь только ресурсы xhdpi. Это не приведет к удалению неиспользуемого кода.
Где, как proguard удалит весь неиспользуемый код при создании apk. Он не удалит ресурсы с альтернативным разрешением.