Чтобы промежуточный итог применялся к видимым ячейкам, вы должны использовать функцию SUBTOTAL.
Ниже строк с данными вы должны сделать:
SUBTOTAL(9,<range of cells of the column>)
9 - это индекс для этой операции SUM. При вводе имени функции и открывающих скобок вы увидите список индексов и их соответствующие операции.
При использовании этой функции при фильтрации результат функции SUBTOTAL будет изменен с учетом только видимых ячеек. .
Вот справочное руководство по этой функции: СУБТОТАЛЬНОЕ справочное руководство по функции