Конда 4.7 как активировать env в bash скрипт - PullRequest
Новая
       17

Конда 4.7 как активировать env в bash скрипт

0 голосов
/ 09 января 2020

Я могу активировать свой env в своей оболочке 

> conda activate env

Когда я в скрипте bash, я могу проверить версию моего conda, но я не могу активировать мой env 

#!/bin/bash

conda --version
> conda 4.7.12

conda activate env
> CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

Вот мой .bashrc об инициализации conda 

  8 # User specific aliases and functions
  9 
 10 # >>> conda initialize >>>
 11 # !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
 12 __conda_setup="$('/work/***/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
 13 if [ $? -eq 0 ]; then
 14     eval "$__conda_setup"
 15 else
 16     if [ -f "/work/***/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
 17         . "/work/***/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
 18     else
 19         export PATH="/work/***/miniconda3/bin:$PATH"
 20     fi
 21 fi
 22 unset __conda_setup
 23 # <<< conda initialize <<<

Я нашел здесь: Команда Conda работает в командной строке, но не в bash script , что я могу добавить в мой bash скрипт перед активацией моего env: 

source /work/***/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh

И это работает (мой env активирован), но я не хочу добавлять эту строку в начале всех моих bash скрипты, так как у меня уже есть в моем .bashrc. Я также нашел здесь: Python - Активировать conda env через скрипт оболочки , чтобы я мог получить .bashrc, когда я запускаю свой скрипт с 

bash -i shell_script.sh

Он также работает ( мой env активирован).

Как я могу автоматически получать мой .bashrc каждый раз, когда я запускаю скрипт, без добавления строки в каждом скрипте и без добавления -i? Могу ли я сделать это с моим .bashrc_profile например?

...