Я просто удалил файл state.dat в метаданных проекта GWT, который, казалось, снял блокировку, а затем вызвал перекомпиляцию.
<workspace>/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/<GWT project>/org.eclipse.jdt.core/state.dat
Вероятно, это не будет общим решением, но оно сработало для меня и намного быстрее, чем копирование целых проектов. Возможно, другой файл будет иметь такой же эффект. Я думаю, что хитрость заключается в том, чтобы просто «повредить» метаданные проекта GWT, чтобы восстановить их.