Я обычно склонен решать эти проблемы с помощью maven, поскольку он действительно хорошо работает с затмением, используя, например, m2eclipse .
Однако, не полагаясь на красную армию менеджеров процессов сборки, вот возможный совет: зайдите в свойства вашего проекта и в «пути сборки java» откройте вкладку «source». на этой вкладке вы можете иметь либо одну выходную папку для всех исходных папок, либо одну выходную папку для каждой исходной папки. Итак, отметьте «Разрешить выходные папки для исходных папок», затем определите одну выходную папку для вашего src/main/java, скажем .... war/classes, затем определите одну выходную папку для вашей папки src/main/test, скажем test/classes. Таким образом, ваши классы и тестовые классы не будут отображаться одинаково.
РЕДАКТИРОВАТЬ : добавлена информация о Maven
Однако я настоятельно рекомендую вам использовать сборку maven вместо чистых IDE, поскольку они оказываются гораздо более надежными. Я думаю, что у моих друзей в dooapp есть информация об этом. В любом случае, я знаю, что есть информация, позволяющая создать приложение GAE с использованием maven.