Мы используем два конвейера:
Для измерения сплайсинга: Тримминг -> Отображение (STAR) -> Создание объединенного GTF (Stringt ie) -> Анализ сплайсинга (rMATS) с объединенным gtf -> Постобработка
Чтобы измерить дифференциальную экспрессию гена: Тримминг -> Отображение (STAR) -> Матрица сборки и подсчета (Stringt ie) -> Анализ (R - DESeq2)
Итак, вот мой вопрос / разочарование: руководство Stringt ie утверждает, что вывод отображения должен иметь XS-тег. STAR не добавляет этот тег автоматически, но имеет параметр для добавления тега XS в сплайсированные операции чтения (outsAMstrandField IntronMotif), однако я не верю, что это не помечает несделанные операции чтения. Как мне лучше всего добавить этот тег XS в мой вывод SAM / BAM STAR, чтобы я мог использовать его для сборки и слияния Stringt ie?
Меня больше всего смущает то, что даже если мы не добавим тег XS Stringt ie по-прежнему будет генерировать gtfs для матрицы подсчетов и объединенного gtf. Могу ли я доверять этим результатам? Как измерить «добротность» выходных данных - чтобы я знал, что я не сбрасываю чтение из-за отсутствия тега xs или из-за неправильного слияния gtf? Если я не добавлю тег xs с сопоставлением STAR, мой вывод Stringt ie будет неправильным?
Большое спасибо !!