Это зависит от марки базы данных, например, в SQL Management Studio есть средство для генерации графического представления баз данных SQL Server, MySQL Workbench сделает это для MySQL и так далее. Среди платных универсальных альтернатив мне понравились инструменты EMS (версия для SQL Server, MySQL, PostgreSQL и Firebird) и Dezign (поддержка 12 баз данных)